对于农产品加计扣除勾选只有已归类为农产品深加工企业才能使用该模块，且当月归类，次月生效。对于农产品深加工企业，在实际生产领用时，可加计扣除1%。具体操作如下：
（1）立即登录电子税务局，点击【发票业务】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】，点击【农产品加计扣除勾选】-【发票】/【海关缴款书】，"勾选状态"选择【未勾选】，根据需要输入或选择相关查询条件，点击【查询】。
（2）如可加计扣除，在"是否用于增值税加计扣除"栏次，选择【用于加计】，填写【本次加计扣除税额】，点击【提交勾选】，根据提示信息核对数据，如无误，点击【确定】，即完成操作。
